Babak kedua dimulai. Indonesia tidak melakukan pergantian pemain. Zidane Iqbal dan Bashar Resan ditarik keluar. Posisi mereka diganti Youssef Amyn dan Ali Jasim.
Indonesia mendapat musibah di awal babak kedua. Umpan silang mengenai tangan Justin Hubner. Shaun Evans memberi penalti, yang sukses dikonversi Aymen Hussein pada menit ke-54.
Indonesia kembali mendapat masalah. Jordi Amat melanggar Youssef Amyn sedikit di luar kotak penalti. Shaun Evans menganggapnya sebagai pelanggaran serius sehingga memberi kartu merah di menit ke-59.
Shin Tae-yong bereaksi menghadapi situasi ini. Asnawi Mangkualam, Pratama Arhan, dan Ivar Jenner masuk. Mereka menggantikan Shayne Pattynama, Sandy Walsh, dan Thom Haye.
Shaun Evans kembali menunjuk titik penalti. Kali ini Ernando Ari melanggar Ali Jasim di area terlarang. Namun, kali ini tendangan Aymen Hussein jauh melambung. Irak masih unggul 1-0.
Kedua tim mengubah komposisi pemain. Di Indonesia, Yakob Sayuri mengisi tempat Rafael Struick. Sedangkan Mohanad Ali menggantikan Aymen Hussein.
Irak dan Indonesia juga mendapat kesempatan mengubah skor. Ali Jasim lolos dari pertahanan, tapi tendangannya melambung. Di Indonesia, sontekan Ragnar Oratmangoen masih bisa dihentikan Jalal Hassan.
Irak menguasai jalan pertandingan di sisa waktu lima menit. Tenaga segar hadir melalui Manaf Younis dan Osama Rashid yang menggantikan Marko Farji dan Zaid Tahseen.Â
Ernando Ari melakukan blunder dengan menguasai bola terlalu lama. Ali Jasim merebut bola dan menceploskan si kulit bundar ke gawang kosong. Irak unggul 2-0 di menit ke-87.Â
Ada tambahan waktu lima menit di babak kedua. Irak tetap menguasai bola dan berusaha mencetak gol ketiga, tapi kedudukan tidak berubah. Indonesia tumbang 0-2.