Kementerian Agama memastikan seluruh entitas pendidikan Islam di bawah kewenangannya menggelar program Makan Bergizi Gratis untuk mendukung program prioritas Presiden Prabowo Subianto. Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kemenag, Abu Rokhmad, menyatakan bahwa seluruh entitas Pendidikan Islam siap untuk mendukung program tersebut. Untuk memperkuat program ini, Kemenag telah menerbitkan Surat Edaran Nomor 10 tahun 2024 tentang Panduan Makan Bergizi Gratis di Lingkungan Pesantren. SE ini ditujukan untuk semua pondok pesantren dan lembaga pendidikan Islam di Indonesia. Selain pemenuhan gizi, program MBG juga dijadikan sebagai media pembelajaran karakter bagi peserta didik. Langkah-langkah seperti membiasakan berdoa sebelum makan, mempraktikkan nilai toleransi, dan nilai lainnya merupakan bagian dari program ini. Abu Rokhmad menegaskan bahwa program MBG harus dimanfaatkan oleh pimpinan pondok pesantren dan madrasah untuk memperkuat penanaman karakter pada para santri. Para peserta didik diajarkan untuk membawa peralatan makan dari rumah dan membersihkannya sendiri setelah digunakan untuk meningkatkan tanggung jawab dan kebersihan diri. Melalui program ini, Kemenag berkomitmen untuk menyediakan makanan bergizi bagi santri yang berada di entitas pendidikan Islam di bawah naungannya.