Piala Presiden 2025 mengalami perubahan signifikan dibandingkan dengan kompetisi sebelumnya. Dari awalnya hanya diikuti oleh 16 tim saat debut pada tahun 2015, kini jumlah peserta bertambah menjadi 20 tim pada tahun 2022. Meskipun demikian, kompetisi pada tahun 2017, 2018, dan 2019 tetap mempertahankan jumlah peserta sebanyak 20 tim. Hanya pada tahun 2024, dengan delapan tim, kompetisi mendekati jumlah peserta pada Piala Presiden 2025.
Menariknya, Piala Presiden 2025 memperkenalkan formula baru. Peserta kali ini terdiri dari juara liga serta pemenang Piala Presiden sebelumnya. Selain itu, klub internasional juga diundang dengan tujuan meningkatkan kualitas pemain timnas Indonesia. Hal tersebut diungkapkan langsung oleh Erick Thohir sebagai inisiatif penyelenggara untuk membawa keunikan dalam kompetisi tersebut.